Le premier bâtiment religieux construit sur le site est la chapelle du palais lombard (dont une partie subsiste sous la forme de la base du campanile de la basilique actuelle). Une première église dédiée à l'archange saint Michel est construite sur son emplacement, mais elle est détruite lors d'un incendie en 1004. La construction actuelle débute à la fin du xie siècle (crypte, chœur et transept) et est achevée en 1155. Les bas-côtés de la nef, comportant à l'origine des voûtes d'arêtes grossières, sont remplacées en 1489 par quatre voûtes rectangulaires. La basilique fut le siège de nombreux événements historiques, comme les couronnements de Louis III (900) et Frédéric Barberousse (1155).
