Childebert fit construire une magnifique église sur le tombeau de l'ermite Eusice. L'église fut ravagée par les Vikings, probablement en 903. Après avoir été relevée de la ruine, l'abbaye est entre les mains de clercs qui ont tenté, en 1140, de la donner à Marmoutier. Mais en 1145, l'évêque de Bourges, Pierre de La Châtre, l'attribua à des chanoines réguliers de l'Ordre de Saint-Augustin. Cette donation est à l'origine de la reconstruction de l'abbatiale. Elle est reconstruite au cours du deuxième quart du XIIe siècle. À la fin du XIIe siècle la nef est partiellement reconstruite. Pendant les travaux, le mur nord de la nef s'effondra avec une partie de la nef et la voûte. Le mur nord, les piliers de la nef et sa voûte sont alors remontés dans le style gothique durant le XIIIe et XIVe siècles. La foudre tomba sur le clocher le 1er juin 1523. Le 5 janvier 1563 les troupes protestantes de Coligny revenant de la bataille de Dreux campèrent dans les environs et détruisirent notamment le chœur de l'abbatiale et le trésor. L'effondrement de la voûte du chœur détruisit la crypte. L'édifice comprend une nef flanquée de collatéraux, un transept et un chœur entouré d'un déambulatoire à trois chapelles rayonnantes. Le carré du transept comporte quatre énormes piles supportant des arcs en plein cintre qui encadrent une coupole à pendentifs. Ce puissant massif supporte un clocher. Le portail principale est orné de colonnes et de chapiteaux pouvant provenir de la basilique mérovingienne. La nef, les voûtes d'ogives des bas-côtés et l'élégant portail latéral sont de belle qualité ; en revanche l'étage supérieur n'est composé que d'un simple mur percé d'oculi, le plafond étant recouvert de lambris. Le chevet (extérieur des absides) de la chapelle d'axe est orné de deux frises sculptées de personnages datant du XIIe siècle. La première, au-dessous des fenêtres, est d'une facture assez rustre et représente différents épisodes de la vie du Christ. La seconde, au-dessus des fenêtres, est mieux proportionnée et représente la vie de saint Eusice. La crypte située au-dessous du chœur renferme le tombeau de saint Eusice du VIe siècle.